近藤 寛子 Kondo Hiroko X.
研究者情報
| 所属 | 応用化学系 |
| メールアドレス | h_kondo@mail.kitami-it.ac.jp |
学位・学歴・職歴
学位
| 博士（科学） | 2012 |
職歴
| 2024年4月- | 北見工業大学 工学部 准教授 |
| 2018年3月- | 広島市立大学大学院 情報科学研究科 客員研究員 |
| 2013年4月- | 理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員研究員 |
| 2019年4月-2024年３月 | 北見工業大学 工学部 助教 |
| 2018年3月-2019年3月 | 北見工業大学 工学部 特任助教 |
| 2015年4月-2018年2月 | 広島市立大学大学院 情報科学研究科 特任助教 |
| 2013年4月-2015年3月 | 東北大学大学院 情報科学研究科 博士研究員 |
| 2013年1月-2013年3月 | 理化学研究所 生命システム研究センター 特別研究員 |
| 2009年4月-2012年3月 | 理化学研究所 ジュニア・リサーチ・アソシエイト |
担当科目・専門分野等
- 担当授業科目（学部）
- 基礎生物学 地球環境/短期履修, 基礎生物学 地域未来/短期履修, バイオ食品工学実験II ﾊﾞｲｵ食品, 生物物理学 ﾊﾞｲｵ食品, バイオ食品工学演習 ﾊﾞｲｵ食品, 工学基礎実験および演習 地域未来/短期履修
- 専門分野
- 生物物理学，分子動力学シミュレーション, バイオインフォマティクス
- 研究テーマ
- ヘムの機能制御を目的としたディープラーニングおよび量子化学計算によるヘム蛋白質の網羅解析, 蛋白質の分子内相互作用の高次構造依存性の解明
- 研究内容キーワード
- 分子動力学, 機械学習, ディープラーニング, バイオインフォマティクス, 構造活性相関
- 所属学会
- 日本生物物理学会, 日本蛋白質科学会
著書
| タイトル／出版社等 |
|---|
光るクラゲがノーベル賞をとった理由―蛍光タンパク質GFPの発見物語
日本評論社, 2009-04 |
学術論文等
学術論文
| 論文名／掲載誌名等 | 掲載年月 | |
|---|---|---|
Free-energy landscapes of protein domain movements upon ligand binding
The Journal of Physical Chemistry B, 115, 23, 7629
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2011-06 |
Structural basis for the membrane association of ankyrinG via palmitoylation
Scientific Reports, 6, 23981
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2016-04 |
The evolutionary process of mammalian sex determination genes focusing on marsupial SRYs
BMC Evolutionary Biology, 18, 3
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2018-01 |
アンキリンが生体膜に相互作用する構造基盤
生物物理, 58, 3, 152
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2018-05 |
Zn2+-Binding to the Voltage-Gated Proton Channel Hv1/VSOP
The Journal of Physical Chemistry B, 122, 39, 9076-9080
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2018-09 |
Statistical and quantum-chemical analysis of the effect of heme porphyrin distortion in heme proteins: Differences between oxidoreductases and oxygen carrier proteins
Chemical Physics Letters, 710, 108-112
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2018-10 |
Molecular mechanism of depolarization-dependent inactivation in W366F mutant of Kv1.2
The Journal of Physical Chemistry B, 122, 48, 10825
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2018-11 |
Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in α-helices as revealed by a molecular tailoring approach
Journal of Computational Chemistry, 40, 23, 2043-2052
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2019-05 |
電位依存性カリウムチャネルKv1.2の変異体における不活性化の分子機構の解析
アンサンブル, 21, 283
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2019-10 |
Effects of a remote mutation from the contact paratope on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG16
Scientific Reports, 9, 19840
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2019-12 |
Computational study of distortion effect of Fe-porphyrin found as a biological active site
Japanese Journal of Applied Physics, 59, 010502
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2020-01 |
PyDISH: database and analysis tools for heme porphyrin distortion in heme proteins
Database, 2020, baaa066
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2020-10 |
ヘムタンパク質の機能発現メカニズムの解明に向けたデータベースの整備と機械学習を用いた解析
フロンティア, 3, 1, 29-36
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2021-01 | |
Analysis of fluctuation in the heme-binding pocket and heme distortion in hemoglobin and myoglobin
Life , 12, 2, 210
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2022-01 |
Global analysis of heme proteins elucidates the correlation between heme distortion and the heme-binding pocket
The Journal of Chemical Information and Modeling, 62, 4, 775-784
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2022-02 |
Structure of heme-binding pocket in heme protein is generally rigid and can be predicted by AlphaFold2
Chemistry Letters, 51, 7, 704-708
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2022-05 |
Elucidation of the Correlation between Heme Distortion and Tertiary Structure of the Heme-Binding Pocket Using a Convolutional Neural Network
Biomolecules, 12, 9, 1172
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2022-08 |
Depolarizing Effects in Hydrogen Bond Energy in 3-10-Helices Revealed by Quantum Chemical Analysis
International Journal of Molecular Science , 23, 16, 9032
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2022-08 |
Conformational Preference of Flavonols and Its Effect on the Chemical Properties Involved in Radical Scavenging Activity
Chemistry, 4, 4, 1123-1135
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2022-09 |
Effects of active-center reduction of plant-type ferredoxin on its structure and dynamics: computational analysis using molecular dynamics simulations
International Journal of Molecular Science , 23, 24, 15913
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2022-12 |
Quantum chemical studies on hydrogen bonds in helical secondary structures
Biophysical Reviews , 14, 1369-1378
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2022-12 |
Prediction of protein function from tertiary structure of the active site in heme proteins by convolutional neural network
Biomolecules , 13, 1, 137
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2023-01 |
Negative fragmentation approach on depolarization effect of neighboring residue on hydrogen bond in π-helix
Chemical Physics Letters , 815, 140361
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2023-02 |
Random Forest Classifier of Heme Proteins Using Porphyrin Distortions and Axial Ligands of Heme
Chemistry Letters, 52, 6, 503-507
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|
2023-05 |
Computational exploration of minimum energy reaction pathway of N2O formation from intermediate I of P450nor using an active center model
International Journal of Molecular Science, 24, 24, 17172
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2023-12 |
Negative Fragmentation Approachと密度汎関数法で迫るヘリックス構造における主鎖水素結合エネルギー
生物物理, 64, 2, XXX
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2024-03 |
講演発表
| 発表題名 | 発表年月 |
|---|---|
Molecular dynamics simulations of the effect of zinc on the voltage-gated proton channel VSOP
第53回日本生物物理学会年会 , 金沢
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2015-09 |
A study of dynamics of palmitoylated Ankyrin-G around a lipid bilayer by coarse-grained simulations
第94回日本生理学会大会, 浜松
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2017-03 |
Molecular dynamics study of kinetics of the voltage-gated proton channel VSOP/Hv1 under electric fields
第55回日本生物物理学会年会, 熊本
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2017-09 |
電位依存性カリウムチャネル変異体の電位依存的な不活性化機構の解析
第18回日本蛋白質科学会年会, 新潟
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2018-06 |
電位依存性カリウムチャネル Kv1.2 における C 型不活性化の分子機構の解析
凝縮系の理論化学, 石垣
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2019-03 |
ヘムの構造歪みに着目した統計解析・電子状態計算による構造機能相関の解明とデータベースの構築
第４６回生体分子科学討論会, つくば
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2019-06 |
Analysis of Effect of Mutation on the Response for Membrane Depolarization in the Voltage-Gated Potassium Channel Kv1.2
第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
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2019-09 |
Analysis of Effect of Mutation on the Response for Membrane Depolarization in the Voltage-Gated Potassium Channel Kv1.2
第97回日本生理学会大会, 大分
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2020-03 |
Analysis of an effect of mutations on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG16
The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
, Online
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2020-09 |
ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けた蛋白質ポケットとヘムの歪みの相関解析
第21回日本蛋白質科学会, オンライン
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2021-06 |
ヘムタンパク質における構造機能相関の解明に向けた構造データの網羅解析
生物工学会北日本支部シンポジウム, オンライン
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2021-08 |
機械学習手法を用いたヘムタンパク質における構造機能相関の解析
ワークショップ「レア・イベントの計算科学」実行委員会, 金沢
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2023-12 |
科学研究費
| 研究課題・他 | 取得年月 |
|---|---|
ヘムの機能制御を目的とした人工知能および量子化学計算によるヘム蛋白質の網羅解析
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2019.11−2020.10 |
蛋白質構造形成に関する高次構造依存性の解明および新規分子力場の開発
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計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発
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タンパク質により生み出されるヘムの多機能性の起源の解明
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2023.4-2026.3 |
タンパク質により生み出されるヘムの多機能性の起源の解明
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計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発
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受賞
| 2009 | Bioinfo 2009 CBI-KSBSB Joint Conference Best Poster Award |
| 2009 | 研究科長賞（修士） |
| 2008 | バイオスーパーコンピューティングシンポジウム2008 ポスター賞 |
| 2008 | 第22回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 |
| 2007 | The 27th anniversary international CBI conference Award for the excellent poster |